Тут описываются некоторые манипуляции, которые приходится периодически выполнять с документами при подготовке их в печать.

gs -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sOUTPUTFILE=combinedpdf.pdf -dBATCH 1.pdf 2.pdf 3.pdf

Взято с www.opennet.ru

pdf2ps source.pdf - |  psbook -s4 | psnup -2 > destination.ps 

# Нечетные страницы
pdf2ps source.pdf - |  psbook -s4 | psnup -2 | psselect -o > destination_odd.ps 
# Четные страницы (если принтер отдает страницы в прямой 
#     последовательности то для избежания перекладки листов добавить опцию -r)
pdf2ps source.pdf - |  psbook -s4 | psnup -2 | psselect -e > destination_even.ps 

если файл большой то можно минимизировать вычислительные затраты путем сохранения промежуточных результатов во временный файл.

# Нечетные страницы
pdf2ps source.pdf - |  psbook -s4 | psnup -2 | tee tmp.pa | psselect -o > destination_odd.ps 
# Четные страницы (если принтер отдает страницы в прямой 
#     последовательности то для избежания перекладки листов добавить опцию -r)
psselect -e tmp.ps > destination_even.ps 
# Удалить временный файл
rm tmp.ps

  gs -o output.pdf  \
    -sDEVICE=pdfwrite  \
    -sPAPERSIZE=a4  \
    -dFIXEDMEDIA  \
    -dPDFFitPage  \
    -dCompatibilityLevel=1.4 input.pdf